環境庁水質保全局水質管理課（日本政府）が主導した「赤土流出防止等対策検討委員会」は1998年３月、愛知県・岐阜県を流れる矢作川における「矢作川沿岸水質保全対策協議会」をモデルにした「沖縄県における流域協議会設置」を提起した（『赤土流出防止等対策検討委員会報告書（抄）』（A4版27ページ）＝写真）。
報道によると、沖縄県は、その提起を受け、まず、次の二つの地域における「流域協議会」設置に動き出した。
1）「白保海域環境保全対策協議会（仮称）」（石垣島）
2）東村平良川流域（沖縄島北部東海岸）
流域協議会の動き | 白保協議会（案） | 東村協議会（計画） |
「流域協議会」を提起した「赤土流出防止等対策検討委員会」については、前掲『赤土流出防止等対策検討委員会報告書（抄）』冒頭の、次掲「はじめに」をご参照下さい。
はじめに 平成8年9月に内閣官房長官の主催のもとに、政府部内に沖縄県知事も加わり、沖縄に関する基本政策について協議する場として、沖縄政策協議会が設置された。この場において、沖縄に関する施策の更なる充実強化を図るための方策について、広く政府と沖縄県が一体となって検討がなされ、様々なプロジェクトを進めていくための予算として内閣内政審議室の沖縄特別振興対策調整費として50億円が計上された。
この中の一つのプロジェクトとして、この調整費を使用して、今後沖縄県がもっている豊かな自然環境をいかしつつ、持続可能な発展を遂げていくために現在沖縄県において社会的な問題となっている赤土等※注）の流出問題について、関係省庁及び沖縄県が一体となって取り組むこととした。
これまでの、開催経緯及び検討会委員については、巻末のとおりである。
（注）赤土等：本報告書では、「赤土等」という用語に沖縄県に広く分布する赤土系の土壌である国頭マージ、島尻マージの他、未熟土であるジャーガル、クチヤ（風化後）など赤土系以外の土壌も含めている。